Devítičlenná Rada je hlavním řídícím orgánem Centra. Řídí celkové směřování NCK MATCA zejména tím, že schvaluje realizované dílčí projekty a dohlíží na naplňování aktivit Centra. O dění v Centru je Rada informována nejméně čtyřikrát ročně na pravidelných zasedáních.
Členy rady jsou zástupci akademické, soukromé i veřejné sféry zevnitř i vně konsorcia, včetně zástupců zahraničních. Všestranné posouzení projektů je zajištěno i díky tomu, že mezi členy rady jsou špičkoví odborníci na přírodní vědy, základní i aplikovaný výzkum, grantové projekty, vědecko-průmyslovou spolupráci či řízení podniků od malých firem po velké podniky.
Rada NCK MATCA 1 má následujících devět členů:
Ing. Alexandr Dejneka, Ph.D. (Předseda Rady)
prof. Ing. Helena Jelínková, DrSc.
prof. Ing. Ivan Hudec, Ph.D.
prof. RNDr. Mirko Černák, CSc.
Dr.rer.nat. Gunnar Suchaneck
Ing. Otakar Fojt, Ph.D.
Ing. Andrej Chrzanowski
Ing. Tomáš Fejt
Rada NCK MATCA 2 má následujících devět členů:
Ing. Alexandr Dejneka, Ph.D. (Předseda Rady)
prof. Ing. Helena Jelínková, DrSc.
prof. RNDr. Mirko Černák, CSc.
Dr.rer.nat. Gunnar Suchaneck
Ing. Andrej Chrzanowski
Ing. Tomáš Fejt
Prof. Pietro Galinetto
Mgr. Pavel Jovanovič