Pro vytvoření úlohy MKP je třeba definovat okrajové podmínky (constraints), pro strukturální analýzu zejména způsob uchycení součástí v rámci okolí. Dále se definuje zatížení (síly, momenty, tlaky, gravitace a další), působící na součást. Analýza potřebuje též definici použitého materiálu (buď pouze v lineární, nebo i v nelineární oblasti). Dalšími parametry mohou být definice kontaktů, specifické propojovací elementy, vazby, pružiny a další prvky, které slouží k definici působení mezi jednotlivými díly. Před spuštěním analýzy je třeba nastavit typ řešiče (solveru) a jeho parametry, zároveň také žádané výstupy analýzy (například deformace, napětí, energie a jiné). Preprocessory jsou většinou schopné zcela připravit úlohu pro spuštění solveru.